2012年11月2日至3日，中国共产党西南大学第二次代表大会胜利召开。本次大会是在全国上下喜迎党的十八大胜利召开，沿着中国特色社会主义伟大道路奋勇前进的重要时期，也是西南大学在新的历史起点上谋划新思路、实现新发展的关键时期召开的一次重要会议。大会的主题是：深入贯彻落实科学发展观，深化改革创新，提高教育质量，为建设特色鲜明的高水平综合大学而奋斗。
大会听取和审议了黄蓉生同志代表中国共产党西南大学第一届委员会向大会所作的题为《坚持科学发展，深化改革创新，为建设特色鲜明的高水平综合大学而奋斗》的报告，审议了题为《深入推进党风廉政建设，为学校科学发展提供坚强政治保证》的纪委书面报告，选举产生了中国共产党西南大学第二届委员会和第二届纪律检查委员会。
11月2日上午8点半，代表们迎着灿烂的朝阳，满怀信心和希望步入会场。9点整，中国共产党西南大学第二次代表大会在雄壮的国歌声中胜利开幕。出席本次大会的应到正式代表为272人，实到代表266人。
市委教育工委副书记、市教委主任周旭，市委组织部负责人，北碚区委副书记、北碚区区长龙华等领导嘉宾，全体校领导，部分老领导，大会主席团成员在主席台就座。学校各民主党派主委和无党派人士联谊小组负责人、现任全国人大代表、全国政协常委、全国政协委员和非中共党员的资深教授、院士、正处级领导干部、在校挂职的校长助理等应邀出席大会。不是代表的历任学校党委正副书记、党员校长，不是代表的党员两院院士，不是代表的党员正处级领导干部，在职的第一届党委委员、纪委委员等列席了大会。大会由校长张卫国主持。
市委常委、市委组织部部长徐松南特别作出重要批示，对学校第二次党代会的召开表示祝贺。市委组织部负责人宣读了中共重庆市委组织部《关于同意召开中国共产党西南大学第二次代表大会的批复》。中共教育部党组向大会发来了贺信。中共北碚区委、北碚区人民政府和北京大学、中国人民大学、北京师范大学、中国农业大学、浙江大学、吉林大学、武汉大学、 厦门大学、重庆大学等22所兄弟院校也发来了贺信。
市委教育工委副书记、市教委主任周旭代表市委教育工委、市教委讲话，希望本次代表大会产生的新一届西南大学党委和纪委领导班子以改革创新精神推进学校党的建设，在提高党建科学化水平上取得新成绩；以全面提高教育质量为核心，在推动学校各项事业科学发展上再上新台阶；以学校的科研人才优势为平台，在服务国家和重庆经济社会发展上迈出新步伐。
校党委书记黄蓉生同志代表中国共产党西南大学第一届委员会作报告。报告全面总结了第一次党代会召开以来的工作成绩和经验，客观分析了学校改革发展所面临的形势，明确提出了学校的总体奋斗目标和今后五年的主要任务。
报告指出，今后五年，是学校建设特色鲜明的高水平综合大学的攻坚时期，面临难得的发展机遇和严峻的发展挑战。必须把提高质量作为改革发展最核心最紧迫的任务，科学发展，强校升位，实施“一提高两特色三发展”战略，实现“五个转变”，努力在人才培养、科学研究、社会服务、文化传承创新与和谐校园建设等方面取得重大进展，为建设特色鲜明的高水平综合大学奠定坚实的基础。报告同时强调，学校党委是建设特色鲜明的高水平综合大学的坚强领导核心，必须切实加强党的思想建设、组织建设、作风建设、反腐倡廉建设和制度建设，始终保持党的先进性和纯洁性，为学校发展提供强有力的思想保证、政治保证和组织保证。
所有与会正式代表分成10个代表团，审议和讨论了党委、纪委报告。大家一致认为，黄蓉生同志代表学校第一届党委所作的报告总结成绩实事求是，分析问题切合实际，判断形势准确深刻，谋划发展思路清晰，报告目标明确、重点突出、鼓舞人心、催人奋进，体现了高等教育发展要求，体现了学校发展实际，体现了全校共产党员和师生员工的共同愿望，是指导学校今后一个时期，尤其是今后五年建设发展的指导性文件。代表们本着对党和学校改革发展事业高度负责的精神，围绕学校党建和事业发展，提出了积极的意见和建议。
大会选举产生了第二届中共西南大学委员会委员、中共西南大学纪律检查委员会委员，通过了《中国共产党西南大学第二次代表大会关于中共西南大学第一届委员会报告的决议》和《中国共产党西南大学第二次代表大会关于中国共产党西南大学第一届纪律检查委员会工作报告的决议》。
11月3日下午，大会胜利闭幕，黄蓉生同志致闭幕词，指出，这次大会全面总结了学校第一次党代会以来的工作成绩和基本经验，明确提出了建设特色鲜明的高水平综合大学的奋斗方向和重点任务。会议期间，各位代表以饱满的政治热情，认真听取和审议通过了“两委”工作报告。大家畅所欲言，集思广益，对学校未来党建与思想政治工作以及事业发展，提出了很好的建议和意见。
黄蓉生号召全校各级党组织和全体共产党员要在新一届党委的领导下，认真学习、宣传、贯彻落实学校第二次党代会精神，把广大党员干部和师生员工的思想和认识统一到大会精神上来，把智慧和力量凝聚到实现大会提出的目标任务上来，坚持科学发展，深化改革创新，坚定不移走以提高质量为核心的内涵式发展道路，以改革创新精神切实加强党的先进性和纯洁性建设，推动学校各项事业发展迈上新台阶，取得新成绩。